行政会议和各专门委员会，负责日常校务
进校不久的蒋梦麟受命通盘规划，具体实施这位美国哥伦比亚大学毕业的教育学博士负责组设总务、教务两个职能部门，并聘请各系教授充任财政等专门委员会，使北大的“教授治校”越发完善
此后，蒋梦麟作为学校的总务长，成为蔡元培在北大最为倚重的助手，每次他离校，都是蒋主持校政
1923年6月，蔡元培曾向北京国立八校教职员联席会提议：由八校教授会公推一个董事会，“负经营八校之全责”，而各校校长则“先由各本校教授会公推，再由董事聘请，不复受政府任命，以保独立之尊严，而免受政治之影响”这个提议的核心，是由公推的董事会代替政府来行使管理大学之“全责”用心不可谓不良苦，但由于历史条件的限制，他的这个提议胎死腹中
其二是继续加强学生自治蔡元培充分赞扬学生在运动中表现出来的“自治能力”、“自动精神”及其“自信”，因此在五四之后，他愈加注重学生的自治pingfan8· cc11月他支持学生会通过了《北京大学学生会章程》，认可学生会有更大的自治权力同时，他以更大的力度鼓励和扶持学生的各种社团，如对马克思学说研究会、社会主义研究会等，蔡元培都尽最大努力予以包容和扶持
他对学生会创办的平民夜校倾力犹多，原因也与五四运动直接有关这场运动由最初的学生运动发展成为全国性的民众运动，蔡元培看到了民众的力量，也认识到民众教育的重要性他倾力扶持平民夜校，实乃既把它当作学生自治的重要组织，又当作教育和唤醒民众的重要途径
在此期间，蔡元培做了一件更惊世骇俗的事是，在北大实行男女同校
1919年5月19日，20岁的邓春兰给北大校长蔡元培写了一封《春兰上蔡校长书》，主张女性应与男性享有同等的受教育权，要求北大率先接收女学生，实行男女同班
她在这封信中写道：“今阅贵校日刊，知先生在贫儿院演说，主张男女平等我辈欲要求于国立大学增女生席，不于此时更待何时？春兰愿为全国女子开一先例，如蒙允准，即负笈来京，联络同志，正式呈请”
在“女子无才便是德”的年代，邓春兰有这样的见识，得益于她的父亲、民国教育家邓宗的培养邓春兰是家中的第三个女儿，她和两个姐姐一样从小就在父亲的支持下不用缠足pingfan8· cc1911年高小毕业后，她又随父到兰州省立女子师范学校读书，期间接触到不少进步书刊，毕业后在兰州一所小学任教
尽管蔡元培等进步人士曾多次提出男女教育平等的主张，但当时北大尚未招收女生不能进入大学深造