，就认为中国传统的人文思想和哲学也落后觉着凡是老祖宗的东西，就都是好的，在人文学科，没有学习西方的必要
这其实是两个极端
他对人文学科的重视，足以成为那个大时代的鸣奏曲中一个空谷回音般的音符，具有超越时空的意义这具体就体现在他对大学学科的定位上
本来，北大的学科文、理是、法、商、工五科并立，可以说是高大全而没有重点蔡元培任校长后，坚决主张将北大办成只包括文、理两科的大学他在北大的学制改革方面首先是调整学科设置这对一个大学的发展来讲至关重要，将涉及大学的学术定位、思想文化特色的走向
蔡元培提出了这种办学方式的弊端：一方面，“同时并立，义近骈赘且两种学校之毕业生，服务社会，恒有互相龃龉之点”，也就是说，这相当于重复建设，资源重叠，又导致综合性大学和专科大学的同种专业毕业生形成无必要的竞争；另一方面，高、大、全的学科设置，对大学来讲也造成了不必要的负担，分散了大学的办学精力和资源例如，北大五个学科虽然看起来齐备全面，“而每科所设，少者或止一门，多者亦不过三门欲以有限之经费，博多科之体面，其流弊必至如此”
1917年1月27日，蔡元培在国立高等学校校务讨论会上提议，一般的综合性大学只设立文、理两科，其他法、医、农、工、商五科则设立单独、独立的专科大学，如法科大学、医科大学等蔡元培批评当时的高等教育过于模仿日本，既在一般的综合性大学中除设立除文、理，同时还设立法、医、工、商等科，同时又有这几个学科的专科学校存在
蔡元培力排来自各方的阻力，在北大停办了商科，将北大的工科并入北洋大学，并计划将北大法科分出去，独立成立法学专科大学(这一计划后来没有实现)同时，大力充实北大的文、理两科在文科中，除原有的中国哲学专业、中文专业、英国文学专业外，又先后增设中国史专业、法国文学专业、德国文学专业、俄国文学专业；在理科，除原有的数学、物理、化学三门外，又于1917年增设地质学专业
在蔡元培的领导下，北大建成了一所以文、理科为主的综合性大学难能可贵的是，蔡元培还提出了“沟通文理”的主张，原因很简单，在蔡元培看来，文、理是不能“分家”的
例如在他看来，文科的史学、文学均与科学有关；而哲学更是以自然科学为基础的；同样的，理科的各个专业，都与哲学有关蔡元培认为，哲学应是科学的归宿同时，有些学科彼此交叉，根本无法以文理来划分例如，心理学以前从属于哲学，由于后来广泛采用科学试验的方法，归入理科也说得通；