十六名官员皆判九族斩绝。
受逆案影响而被处置的中央到地方官员更达六百余人，其中的一百多人被罢官、解职、抄家、发配充军。
但令人意想不到的是，其中被冲击最为惨烈的衙门竟是太医院，有员五百的太医院，上至院使下至典薄被抓的足有一百二十五人，其中三十二人被以“谋害皇嗣、投毒天子”等不赦大罪，皆被判凌迟，九族夷灭；其余的皆被判充军。
因逆案牵连，“关西夫子”冯从吾在惊惧中猝然离世。
随后，关中书院因“私占百姓田亩”的罪名被朝廷捣毁，书院一切书籍皆被焚毁。
十几名曾主持建造关中书院的官员皆受到相应处置，即便已经去世的陕西布政使汪可受，亦被褫夺所追封的兵部尚书衔。
前翰林院修撰文震孟被家奴告发，言其“与逆贼相厚”且“谤君为桀纣而自比屈原”；于是，文家被抄，九族皆远徒崖州，行至广西，文震孟在忧愤中暴毙而亡。待消息传回京师，朱由校怜其才行，命当地官员厚葬并善待其家人。
在福建，被皇帝夺情调至福建的新任巡抚熊文灿依圣旨，以“凡查抄富户，许其家资一成”的重利顺利收服了军心，又以“均富家田于百姓”彻底收服了民心。其后更是只身片舟招抚了郑芝龙，并任命其为海防游击。随后依郑氏的势力在福建沿海一带打击各走私商队并强征关税。
在江西，一众厂卫鹰犬将控制瓷器生产的几个大家族全部抄没一空；与这几家相厚的官员也被尽数索拿。
其后，传旨太监向全体工匠宣读了皇帝旨意，不仅废除了他们的匠籍，还将他们的待遇提高了三倍不止。而几大瓷器作坊均被收为皇帝私产、改坊为厂。
更是形成了以地方锦衣卫负责安全保卫和技术封锁，各工匠以技术入股，内监负责产品外销，以皇室账房监理查账的全套运营管理系统；至于各大作坊的生产厂长，则以资历最老、技术最好的匠人来充任。
再说信王朱由检，在平叛当夜，韩爌与信王出逃之时被神枢营截堵于左安门，当韩爌被擒后，朱由检突然冲天咆哮、状若疯魔，后来竟披发赤足、挥舞长剑抗拒抓捕，京营将士忌惮其身份，又恐失手伤了天家贵胄，只能将其团团围堵在左安门内。
最后，还是魏忠贤携天子圣谕，宣布信王被除爵为民、永远圈禁，一众京营悍卒这才一拥而上将其拿下。
而三位信王妃和王承恩一行人在昭阳湖畔被寻迹追来的锦衣卫截拿