诸事议定，朱由校也没心思留两位亲信重臣用膳，命方正化将两人送出宫门，便斜靠在榻上琢磨起下一步的事来。
过了许久，方正化捧着一叠奏章轻轻地走到皇帝榻前，又小心翼翼的将奏章放到一旁的案几上，正待退下，却听皇帝开口问道：“又是朝臣们劝谏福王之事的？”
方正化忙施礼道：“回皇爷，正是。”
叹了口气，朱由校将身子坐正，悠悠说道：“这是第几次了？还真够执着的，不过他们折腾折腾也好，不闹出点儿动静，这样一场大戏，就朕一个人唱倒是有些枯燥！”
方正化默然，这件事，说成是朝政，那自是轮不到他来插嘴；要说是天子家事，那就更轮不到他一个奴婢来掺和。
朱由校在彻底控制住京师防务后，立刻降旨召回了受东林党打压而遣戍在外的原齐党魁首周永春，并任命其为督察院左都御史，主持此次谋逆案的全面清算。
就在周永春抵京当日，孙承宗及袁可立两位帝师亦齐齐入京，朱由校执师礼，在西苑接见了两位老臣，并请二位老臣随驾检校京营诸军，并亲赐天子剑；孙、袁皆大受感动。
当夜，朱由校与二位帝师及内阁次辅施鳳来、英国公张惟贤、锦衣卫指挥使田尔耕在西苑密谈至深夜，而谈了什么却始终无人得知。
只是此次密谈后，本欲上书请皇帝停止再兴大狱的两位帝师对此事皆闭口不谈。
第二日，孙承宗在向皇帝讨了一道征辟茅元仪、鹿善继、孙奇逢为兵部职方主士共赴辽东的圣旨后，便与袁可立告别了皇帝，各自赴任去了。
而这，也宣告一众东林党人想指望两位帝师能够劝谏皇帝的希望彻底破灭。
正如东林党人所担心的一样，在两位帝师离京后所发生的一系列事件，皆是充满了残酷和血腥。
周永春一到任，便向皇帝推荐了同为齐党的亓诗教，皇帝准其所请，擢亓诗教为右督御史，朝廷便以周、亓二人为首，汇同刑部、大理寺、厂卫开始了全国范围的大清洗。
凡直接参与此次政变的叛军全部被斩，九族被迁往辽东划为耕奴；东林党在京师中被查出的全部党羽亲信一律被判弃市，九族皆被划为贱籍发往西北各军镇为奴。
除去被定为首逆的韩爌服毒自尽外，韩氏一门九族斩绝；参与到政变中的大臣如前户部尚书侯恂、太仆少卿蒋允仪、江西巡抚解学龙、广西道御史游士任、左都御史李邦华、副都御史惠世扬等一百三