；同日国务院、教育部分别致电蔡元培，曰“学.潮已息，校事亟待主持……务希早日莅止，以副群望”云云，同时派部员前往杭州“面致忱悃”，表现出迎蔡回校的积极姿态
蔡元培对此很冷静，他很清楚，17日训令虽然“调胡到部办事”，但并未撤销6日的“任胡署校”令，故他于20日分别复电院、部，“敢求转请大总统俯赐解职，别任贤能”，辞意仍坚
一场“拒蔡”和“迎蔡”的较量随后又接着展开：一方面是安福系频施小动作，煽动少数对北大不满的师生“迎胡拒蔡”；另一方面是广大师生和知识界呼吁“迎蔡拒胡”
直到7月9日，在广大师生和社会各界的呼声之中，加之众多朋友于公于私的劝慰，蔡元培态度终于转变
他于9日复电教育总长，说“宁敢固执己见”，并允“谨当暂任维持，共图补救”
同时，蔡元培致电全国学生联合会等有关团体，表示尊重“诸君雅意”和“各方责望”，“不容坚持初志”，公开宣告了返校复职的决定
其后，尽管安福系仍负隅顽抗，收买少数师生上演“迎胡拒蔡”闹剧，并在媒体上对蔡元培和北大造谣诬蔑，但这一切都已经无济于事了
1919年7月23日，蔡元培发表了《告北大学生暨全国学生联合会书》，进一步阐述了他学术之上、文化建国的理念他说：“诸君自五月四日以来，为唤醒全国国民爱国心起见，不惜牺牲神圣之学术，以从事于救国之运动全国国民，既动于诸君之热诚，而不敢自外，急起直追，各尽其一分子之责任即当局也了然于爱国心之可以救国，而容纳国民之要求在诸君唤醒国民之任务，至矣尽矣，无以复加矣……然诸君自身，岂亦愿永羁于此等连带关系之中，而忘其所牺牲之重任乎？”
7月30日，北.京.当.局正式发布大总统令，宣布胡仁源“调部任用，准免署职”蔡元培回北大复职的最后一个障碍也排除了，至此，对于北大师生而言，五四运动的所有目的全部达到，大获全胜
此时，正赶上蔡元培的胃病复发，确实不能马上北上他曾电请北大温宗禹教授继续代行校长职务，但遭到北大师生的拒绝这样一来，正在江苏教育会任干事长并主编《新教育》杂志的蒋梦麟，便以蔡校长私人代表身份进入北大代理校政
此后，尽管安福系的政客们曾借机尝试由蒋智由取代蔡元培，但立马遭致北大师生坚决抵制而未能得逞
经历了此番学.潮，学生还能安下心读书吗？蔡元培的一些朋友也为他耽着这份心，说学生们此后一定会“遇事生风，不复用功了”
对此，蔡元培有着同样的担心，或许，他比他的朋友们要乐观一些，但也认为必须要“善加引导”