如此高压下，他们偏不肯将票投给袁世凯。第二次投票，袁世凯虽然有所增加，但也只是得了四百九十七票。距七百五十九人的四分之三的五百六十九票，还差七十二票。孙中山和伍廷芳基本无变化，黎元洪到是多得了一些票。
从效果上来看，“公民团”的做法其实是添乱。黎元洪多得的票很可能就是国民党议员投的，虽然他们未必打心眼里支持黎元洪。
无记名投票，也叫秘密投票，总不能拿着枪看着人家写票。
由于大家对当时投票流程不甚熟悉，从.发.票、填票、投票、开票、唱票，这一圈搞下来大约要四个小时，议员们的肚皮也有些饿了，打算明日再进行第三次选举。
但是，这些“公民团”们坚决不答应，他们早已将会场团团围住，许进不许出。就连四面围墙也站满了军警，不选出“袁总统”，谁也别想跳出这禁锢圈。
时间拖到晚上，议员们饿得急了，想闯出大门找点吃的，但那也不行。议员们还没等走到门口，便被“公民团”的人拽住，轻则破口大骂，重则饱以老拳。把议员们打得抱头鼠窜，狼狈地逃回会场。
最可笑的是，某些议员好吸大烟，一时间烟瘾犯了也没法补充。这群人在会场上哈欠连天，鼻涕不是鼻涕，眼泪不是眼泪，真是急得抓耳挠腮，捶胸顿足，徒然让“公民团”取笑。
也有送饭的。比如支持袁世凯的公民党给他们的议员送饭来了，“公民团”的人便放他们长驱直入。
进步党也派人来送吃的，但这些凶神恶煞的“公民团”们不让他们随便进去。
进步党的人急忙说：“我们是拥护袁总统的！”
“公民团”们听了喜笑颜开，大手一挥，说：“那就赶紧进去吧！”
国民党派人送饭来，说：“我们是国民党的，给议员们送饭！”
“公民团”们大怒，骂道：“国民党的不准进，多饿死他几个才好，活该！”
眼看不继续选举就不许出门，议员们也只好忍气吞声地接着进行第三次投票。
前面说过，按照《大总统选举法》第二条：“两次投票无人当选时，就第二次得票较多者二名决选之，以得票过投票人数之半者当选。”换言之，这次只在袁世凯和黎元洪中间选举一人，而且只要过半数就可当选。
待到选票发到各议员的手中，“公民团”们又叫嚷起来了：“选举袁总统！”“谁不选袁总统就别想出门！”“谁不选袁总统就别想吃饭！”
在此喧嚣声浪下，饥肠辘辘的国民党议员们早已是手脚发软，头昏眼花。但即便是这样，仍旧有部分硬骨头议员在选票上画叉，以示抗议。
投票结果袁世凯得五百零七票，远远超过半数当选总统。
当主席宣布投票结果，袁世凯当选为中华民国的第一届大