者掌官员考核升迁任免，后者主要负责社会保障
户部拆分为财政部、税务总局、农业部、工商总局、商务部、审计总署
礼部拆分为教育部、外务部，专门负责接待外宾的鸿胪寺并入外务部部分礼部人员与太常寺、光禄寺合并，成立新的礼仪总局，负责国家内部各项典礼的安排筹备工作
兵部拆分为国防部、兵役总局以前专掌全国马政的太仆寺合并入国防部
刑部拆分为公安部、司法部，部分人员与大理寺合并，成立最高法院
工部拆分为建设部、重工业部、轻工业部
以方山科学院为基础，合并钦天监，新成立科技部
以方山科学院医学实验室为首，合并太医院，成立卫生部
詹事府、国子监、翰林院三个机构合并，成立大明政治学院：从此之后，这里就是大明的官员继续提高的地方
以张世泽的既有班底为基础，新成立宣传部，专掌文化宣传全国的报纸、剧团、说书人甚至秦楼楚馆的职业女性们全都划入了宣传部管辖范围除此之外，将逐步的允许民间资本进入传媒业
大明皇家银行继续保留，但存款贷款的职能要逐步减弱国家准备再成立三至五家官方银行，并逐步开放民间资本成立私人银行
通政司保留原名，但其职责转变为内阁的办公厅
都察院保留原名，但其职责已经彻底转变：风闻言事被禁止，纠察官员道德问题被置于极靠后的位置现在的都察院，获得了独立的经费，独立的调查权，其工作职能主要在于监察百官的履职和经济问题，另外还承担政府公诉职责
锦衣卫保留原名，诏狱继续保留不过作为国家情报机关，虽说他仍然保留了一定独立的司法权，但这种权力，更多是针对被认为可能是间谍的相关人员的审讯对于官员的一般审讯，只能走法院
废除尚宝丞，其掌管、制作印玺的职责，转入内廷
内阁首相、枢密使、最高法院首席法官、都察院左都御史四人，是大明大臣的顶端，俱为正一品
副相、枢密副使次席法官和右都御史为从一品
新成立的各部尚书、总局局长，政治学院院长，锦衣卫指挥使，皇家银行行长等，均为正二品
按照朱由栋的旨意，在中央政府各部门完成重整后，大明境内的各省、区，以及省下面的州府，除外交、国防、民族事务、干部培训、国家情报等部门外，其他的，均要按照中央政府新部门的设置，在地方政府里设置相应的部门
至于县级政府，限于这个时代的社会发展水平，倒是暂时不用把相应的部门全都也跟着设置齐全但是县衙里也要设置相应人员来对接上级政府各厅局的工作
在这一整套政府架构设置完成后朱由栋又下了一道圣旨：新机构设置完成后，逐步废除吏、役，改以全面