真嗣被葛城美里用一本大部头砸在脸上，他面色纠结地开始阅读学习这本厚度堪比字典的EVA驾驶相关知识与条例。
经过一段时间的理论学习和针对性的身体调整，又进行了几次模拟舱测试后，碇真嗣终于被允许进行EVA的实际驾驶操纵。
作为驾驶舱的插入栓从针对绫波丽的0号模式转化为全新的1号模式，缓缓插入了EVA初号机后颈张开暴露的孔洞，随后固定装置收回，插入栓完全进入EVA身躯，其后颈装甲合拢封闭。
尚未完全接入EVA启动的驾驶舱内光线暗淡，通过充斥着插入栓的LCL溶液获取氧气等维生物质的碇真嗣努力平复自己紧张的情绪，他按照工作人员的提示一步一步进行操作，不久后驾驶舱骤然明亮了起来，四周刷新出以初号机视角看到的停泊区。
EVA的感官神经接入完成，接下来就是等待固定装置解除，开始同步神经连接控制EVA进行行动了吧
心中想着计划步骤的碇真嗣，此刻却听到了一声仿佛近在耳旁的无奈抱怨——“终于进来了，真是麻烦啊”
唉？
碇真嗣还没反应过来，就眼前一黑失去了意识。
在这一刻，EVA指挥大厅里不停汇报着各项检测数据的繁忙工作人员中忽然响起几声惊呼——
“同，同步率出现大幅度波动！峰值接近百分之九十五。”“插入栓深度异常增加！”“驾驶员精神状态出现剧烈变化！”
人们骤然紧张了起来，但在反复验证后，他们发现初号机的情况还在可控范围内，对插入栓的具体操作并没有被阻塞，而且异常情况似乎正在飞快平复好转。
见到这一幕，坐在司令位置上的碇源堂被手挡住的嘴角轻轻翘起，在他想来这应该是碇唯面对自己孩子做出的反应，这说明碇唯在初号机内的情况比预想的要好。
不过实际上初号机内发生的事情和他想的完全不一样，他的老婆儿子早就被程斌转移走养起来随后用念气模拟顶替了，初号机里发生的并不是母子见面互诉深情，而是程斌大刀阔斧的灵魂改造。
“在初号机环境下，碇唯和碇真嗣的灵魂接触，其双方变化的范围相当大，比起一点一滴的引导，还是这种精神接触信息爆炸方便改造。”
程斌一点一点干涉与碇真嗣相关的人，把他尽快送到初号机里，为的就是这个目的。
纵然碇真嗣是他用念气模拟的傀儡化身，但不想引起使徒反应的话，这个化身必然要遵循着正常的轨迹生活，想用这个人类身份的化身去改变试探一些东西，程斌就得找个由头把他合情合理地变成行为逻辑符合自己需求方便操纵的样子。
真嗣进入初号机，和母亲灵魂触碰交流发生了奇妙的化学反应，整个人性格出现明显变化并知道了