在可以动员整个世界绝大部分资源的SEELE支持下，黑之月上方的空洞与地表很快被要塞化
集合了人类所有尖端科技的要塞城市“第三新东京市”在短短时间内就建设出轮廓，地表到空洞间铺设的多层双向防御用厚重装甲开始逐步建造
而当黑之月深处围绕着莉莉丝建造的最终教条区完工、当量足以毁灭小半个岛国的大量N2炸弹铺设就位后，人类终于忍不住开始尝试接触莉莉丝了
结果令所有知情者心有余悸
在人类尝试靠近莉莉丝从它身上分离一点身躯组织的时候，莉莉丝身躯轻微动了动，当时所有在场的人类瞬间炸裂化为橙红色液体，并汇聚融入了莉莉丝的身躯
监控记录中可以看到莉莉丝身躯表面骤然扭曲起伏，浮现出大量挥舞四肢挣扎的白色人形轮廓，之后没几秒这些轮廓就全部平复消失了
看到这一幕，当时严密监控实验进程的SEELE成员手一抖，差点就按下了最终教条的自爆按钮
还好之后莉莉丝没有其他的动作
确定了莉莉丝之前那种能力的波及范围后，SEELE将这个范围内的地域全部划入最终教条区，禁止任何没有权限的人类进入
通过监控确定莉莉丝没有破坏最终教条区里那些仪器设备后，他们又肥着胆子远程操纵机械，再次尝试获取莉莉丝的身躯样本
这次的行动居然顺顺利利的成功了
不顾生命危险待在要塞里的研究人员如获至宝
在严密的监控、防御、毁灭措施下，以葛城博士、碇唯为首的研究团队小心翼翼地试探着莉莉丝血肉的各种物理特性
在发现莉莉丝血肉在特定刺激下可以无限凭空增殖，并且在接触人类基因时能构造出拥有无限寿命的奇异克隆体后，这个要塞中立刻就成立了一个人工进化研究所
SEELE任命碇唯的丈夫碇源堂来担任所长管理事务，并负责督促研究团队利用莉莉丝血肉找出人类进化的办法
显然不管是哪个世界，统治者对于长生不老都是挺感兴趣的
人工进化研究所除了寻找进化当前人类的办法外，还有一个任务是研究莉莉丝的血肉，尝试制造出接近使徒的、拥有AT力场的生物兵器——在亚当身上，SEELE已经体会到了人类的武器在绝对领域面前有多无力了
现在他们失去了王牌朗基努斯之枪，要是每个使徒都有亚当那种强度的绝对领域，他们就算用N2炸弹把地球犁一边都不一定能消灭未来苏醒的使徒
所以制造拥有AT力场或者能破解AT力场的兵器就是必须进行的事情，SEELE除了莉莉丝所在的要塞这边外，也在地球其他地方启动了各种研究项目——
包括朗基努斯之枪的还原复制计划、对使徒用核动力兵器制造计划、未觉醒使徒搜寻捕