当初弹劾过张党的御史们坐不住了，当场上奏章维护丘橓
于是朝廷上奏章往来，成了一场骂战但是这一次舆论都不站在，主持清算张党的李植等御史这一边
追究当初丘橓抄没张家的奏章络绎不绝，与李植等御史形成骂战
申时行府上一时间车马不绝，官员们都上门求申时行出面，在天子面前保下河南官员
就在这时，林延潮的奏章抵京师
林延潮奏章弹劾原归德府知府，同知主谋了御史被刺之案，河道衙门监督不利至河工敷衍，除此二处外，于河南道其官员一字不提，等同于保下了这些官员
林延潮奏章一上，本是磨磨蹭蹭一个月多的三法司会审官员立即精神抖擞，马上有了结论归德府知府，同知为首犯，但河道衙门，及其余官员虽有失职之处，却并非大罪
于是天子召三辅臣议事，最后商议此案
当时议论经过外人不得而知，只是后世申时行所撰的文章中窥得一丝半点
天子召三辅臣至乾清宫暖阁问道：“河南大灾，小民不得安生，其罪乃关于吏弊，或是朕德不修？”
申时行对道，臣等窃见近年以来，并非河南一地，各处奏报灾伤，如陕西亢旱、江南大水、江北又有蝗虫但河南黄河冲决，委的灾伤重大皇上圣德方隆，岂宜有此？这是臣等奉职无状所致臣等自当痛加修省外，整治吏弊”
天子容色稍宽曰：“丘橓参劾河道官员贪墨，不恤百姓这些官员当如何处置？”
申时行对道：有司为民父母，若是贪赃坏法，百姓不得安生，自当问责有司臣有等一得之愚，眼下河南百姓于水深火热之中，严惩贪官污吏并非治本之道，若要救百姓，平息民怒在于蠲免赈济”
天子道：“太后说憨山大师有言，朕即位以来，虽是天下太平，但对官员惩罚不免太重，昔日张江陵之案，因言官弹劾不休，牵涉太多官员，官员们人心惶惶，以至朝纲动摇，故而天下才有这么多灾害朕反思再三，打算恩抚天下”
申时行道：“圣见高明，深切时弊臣等不胜仰服容臣等撰拟手敕，上请圣裁施行”
天子道：“可”
于是申时行退下后拟旨，天子御览后昭告天下
谋害御史吕毓昌的三位奴仆，伪造假证的仵作等一律秋后问斩
指使杀人的原归德府同知，勒令自尽
包庇纵容的归德府知府籍没家财，刺配流放辽东，遇赦不赦
右布政使董汝汉调广东右布政使
河道总督李子华等其余官员尽数罚俸
被杀御史吕毓昌追赠参政衔，以三品官之礼下葬，朝廷于其家乡表彰其忠节
丘橓破案有功，增俸一秩，林延潮禀案情有功，赐银百两
最后天子重申，不许言官再拿张居正案说事，御史李植，江东之，羊立可