第一章 城都地区
在与莉拉战斗后，小智等待着大木博士能将GS球研究完之后再继续交给他保管，顺便等待送来的胜利者奖杯，于是就在家中等了几日，但是直到今日，大木博士还是没有研究个所以然来，只好再把小智叫来，小智得知GS球的消息，根本就没有理会送来的胜利者奖杯，直接忽视，然后赶去研究所那边，所以他也不知道，胜利者奖杯可能被他母亲当做哑铃使用了
“小智，我是查不出什么了不过根据耿鬼传递的消息，GS球与时拉比有关，在我的印象里在桧皮森林似乎着时拉比的线索，虽然我有点淡忘了这种印象从何而来，不过精灵球的制作大师刚好也在桧皮镇，所以我想在那里说不定可以解答出关于GS球的事小智，能再帮我走一趟吗”，大木博士拿出一张照片对小智说道
“好，我知道了，正好，我也要去挑战城都联盟，在城都地区一定要把事情全部解决”，小智接过GS球
“恩？你要挑战城都联盟？是因为小茂的事吗？”
“嗯！说什么不做训练师的，我一定要在城都地区好好问清楚他到底是什么意思，既然他要去挑战城都联盟的话，那么我也要去除了小茂的事，还有关于他的事，我希望时拉比的能力能够让我再见到他”
“好吧，既然你是这么想的话，那么我也只好支持你了”
“小智，我就留下来和博士一起，这次就不和你们一起旅行了”，小健突然走过来说
“恩，加油啊，小健，祝你成为一个出色的宝可梦观察家”，小霞鼓励道
“恩，我会加油的”
“对了，小智，你要啊参加城都联盟的话必须要先到若叶镇办理参赛手续才行，那里被称为开始之风吹拂的城市”，大木博士接着对小智解释
“我知道了，那么这就出发吧”，说完小智不等回家，就拉着小霞一起往真新镇外跑去，小刚在门口看到飞奔的小智，本能反应的突然跟上，于是三人又重新一起踏上旅途，奔跑了一阵之后，还好小刚率先冷静下来，让小智和小霞也从兴奋中退回普通状态，开始正常的赶路，沿着地图向城都地区的第一个城镇若叶镇进发
因为诸多工具都加载了地图功能，所以即使在浓雾弥漫的森林之中三人亦是没有迷路，最终，跟着地图，来到一座湖边，湖中一只优美的蓝色宝可梦轻浮在水面之上
“好漂亮啊”，小霞陶醉的看着这只蓝色的神奇宝贝
“水君？”，小智因为脑内出现的资料对身前的宝可梦亦是惊叹，没想到这居然是城都地区传说中的宝可梦，地位上相当于他们曾经在亚西亚岛见过的三圣鸟之一
“等一下”，因为水君这时突然跳跃离开了，所以小霞赶紧喊，并且向前走，但是没有想到前面是一个滑坡