以对四川有功之人都是予以封赏，任命崇祯年间的东阁大学士王应熊为兵部尚书兼文渊阁大学士，总督川、湖、云、贵军务，楚、郧、贵、广悉听应熊节制，给银三万两，赐尚方宝剑又命副都御史马乾接替接替战死的龙文光为四川巡抚
如此上有总督，下有巡抚，四川全省又全境光复，怎么也不可能再出乱子
可是王应熊总督川、湖、云、贵军事却让湖广总督何腾蛟大为恼火，因为如果湖北的军务由王应熊节制，那他这个湖广总督的权力岂不是一下就被分走一半
不满朝廷胡乱任命的何腾蛟便授意湖北驻防明军不奉王应熊之令，湖北巡抚章旷因为拉拢王得仁、王体中二将使得实力大增，对原本提携他的何腾蛟都敢“平起平坐”，况一个王应熊
结果就是王应熊这个总督四省军务的大员尚在半道，便受到湖北官场的一致冷遇
寻思湖北这边不受调遣也没事，毕竟还有四川和云贵三省，然而到了成都才发现他这个总督大人根本使动不了一人
因为那帮大小军头仗着“平西”有功，一个个趾高气昂，浑然不将朝廷派来的总督大人放在眼中
照理这位王总督此时当想办法团结四川巡抚马乾，共同压制四川诸将，偏王总督不知脑子少了哪根弦，上任第一份上书竟是弹劾马乾淫掠不法
马乾是崇祯六年举人出身，曾做过广安知州，后四川巡抚邵捷春令马乾管理夔州府事务张献忠入蜀攻夔州三十余日，但在马乾固守下没有攻陷成都失陷后，马乾同曾英等人率军收复重庆，击走西将刘廷举南都命马乾接任四川巡抚前，其带人驻守重庆，曾英则驻守佛图关
曾英是四川诸路明军中实力最强，也是最为精锐敢战的一支，因为同马乾共同收复重庆，故而与马巡抚关系也密切
王总督弹劾马巡抚，肯定使得曾英大为不满，曾英一不满，其部将于大海、杨占春等肯定更不鸟王应熊这个总督
而王应熊未到任前，四川这些“复地”有功的大小军头们便是彼此敌视，你不服我，我不服你，名为朝廷官兵，实际同土匪差不多
势力较大的还有崇祯十二年武进士出身的杨展，此人在西军攻入四川后曾经被俘，后逃出在叙州拼凑了一支军队，一直活动在嘉定、峨眉一带
相比其它各路明军以劫掠为主，杨展倒是能注重恢复生产，予农民牛种，使择地而耕，也不强拉壮丁，对生员也极为优待，所以很得治下百姓拥护，地盘钱粮也能自给有余
另外还有王祥，西军入川后此人收拢部分残兵盘距在遵义地区，趁西军主力出川立即攻占顺庆府
和杨展注重生产，恢复秩序不同，王祥是竭泽而渔榨取地方在顺庆府竟要求每家都花钱买他发的免死牌一张百姓有牛的也要买牛票，可是