青居城之战刘雄飞虽然惨败，却没有如俞兴在神臂城之下那样全军覆灭。虽然粮草辎重特别是上百门火炮和三百余门攻城武器全部损失，让宋军战力大减，但所幸的是二万三千人员只损失七千人。在钓鱼城水军团的火炮掩护下，八千战兵他带回了五千人，一万五千民夫则带回了一万一千人。
张珏将刘雄飞护送到重庆府水域之后，并没有随其进城，而是径直返回了钓鱼城。水军团则直接溯水北上，前往嘉定城。张珏之所以不进城，是怕刘雄飞对自己不利，并强夺钓鱼城水军控制权。在从青居回重庆的路途之中，刘雄飞数次要求将水军团交由四川制置司直领，张珏皆左右而言它，或闭口不言。
虽然从官职来看刘雄飞是上级，但若张珏不同意，他要将水军团从钓鱼城手中夺走，也是不可能。除了朝廷的军制不允许外，也因强行夺兵权会引起其他军将的惶恐。张珏肯定不会同意将水军交由刘雄飞，除了因为水军团对钓鱼城的防御至关重要外，更重要的也是钓鱼城已经纳入了霹雳军体系。仅从军工保密角度上来说，欧阳轩等高层也绝不会同意。
水军团前往嘉定城，除了远离刘雄飞的窥视外，也是前去改装战船和补充弹药。青居城之战前，钓鱼城水军虽然进行了改编，但不管是战船还是火炮数量都远达到编制要求。青居之战中虽然水军团表现优异，但也暴露出了不少问题。激烈而频繁的战斗，也使不少战船结构和炮膛受损，急需要修复和更换。
火炮战船与传统的跳帮战船有很大不同。钓鱼城当下也有小型造船厂，但并没有能力维修火炮战船，更没有能力维修火器。除了维护战船外，水军团此行是按总参谋部的要求，在嘉定接收新火炮战船和新训练水兵，以补足三个营十五个连的编制。鉴于钓鱼城的重要性，霹雳军高层决定要优先让第四师齐装满员。
此时昝万寿并未在嘉定城中，而是在石门寨。自都掌蛮归附以来，在其示范作用下，周边不少夷、僰、侗、乌蛮等部落纷纷归附了霹雳军，其中包括马湖、芒布、易溪等大部落。南洋公司的商队也随之进入了上述地区，获得丰厚利润，而各部落获得了优质铁器、食盐等急需的生产生活用品。
在此过程中，也有部落对霹雳军报以敌视态度，他们频繁劫杀南洋公司的商队，甚至蒙军和大理国新附军沆瀣一气，攻打归附霹雳军的部落。阿永的都掌蛮兵在苗疆兵及霹雳军的支持下，打退了敌人的进攻。只不过，此时由于霹雳军和播州军的主力在潼川路府作战，配合都掌蛮的霹雳军