要让朝廷下弃保漕运的决心和让朝廷放弃运河，完全是两回事。京杭运河的功能，不仅是保漕粮运输，它还有一个作用不容忽视——将南北两京的空间距离拉的很短。
运河全部无法通航的时候，商贾行人在两地陆路通行时间从原先的十天一下子能拉长到一个月——这般低效绝对影响朝廷对整个江南这一赋税重地的治理，也影响南北的商品流通。
因此，潘季驯所谓弃保漕运，仅仅是说弃保漕粮运输。也就是说如果不用运河来运漕粮，那么就不必让三千里运河随时保持贯通状态——会极大的减少黄河的治理难度。
最初，为了满足朱翊钧保漕运、保祖陵、保民生的“三保”要求，潘季驯的第一版治河报告中，向朝廷提出的治河之法受限很大，他既不敢加高家堰大坝蓄水攻沙，又不敢扩大微山湖影响民生保运，因此所做的工作全数是小打小闹，修修补补，和朱衡的手段差不多。
即使朱翊钧这个半外行看来，这一版方案也无法解决黄、淮密集泛滥的问题。
万历时期的黄河，已经固定在新郑——徐州——淮安一线数百年，直到清末才在河南铜瓦厢再次决口北归，结束了黄淮合流的历史。
永乐十八年，成祖迁都北京，京杭大运河成为了命脉。而大运河中徐州到清口的长达五百里的运道，必须得到黄河水的接济才能保持畅通。
而黄河在两淮和鲁西南地区的横冲直撞，分流众多，严重影响漕运。
于是，这段时间明代朝廷的治水思路是“南堵北疏，抑河南行，以保漕运”，利用长堤约束，把淮河及其支流作为黄河洪水的下游通道。弘治帝和嘉靖帝分别修建金堤和南堤，就是这种思想指导下的产物。
这样思路和做法，带来的直接后果是将黄河的泥沙淤积到淮河下游，导致原来深广的淮河被淤积成地上河，淮河水系遭受了巨大破坏。而争不过黄河的淮河，又另辟蹊径，冲入长江，导致长江下游水流增大，给苏松地区也带来了巨大的防洪压力。
可笑的是，朝廷只要保住漕运，两淮地区生民之苦，根本不在明代朝廷的考虑范围内。永乐十四年，黄河在开封决口，泛滥十四州县，由涡河入淮。因未危及运道，当时朝廷居然听之任之，让黄河漫流四十余年，听之任之。
其后的正统、景泰、弘治、嘉靖年间，黄、淮河数次超级大水灾，朝廷的思路一直不变，仍以保运道为主，将黄淮大地的生民置之不理。
当时的豫东南