为明朝争得了喘息的时间和调整的机会。明廷如果能够很好地利用这个机会，后来的事态则很有可能会向着另一个方向发展。
可由于当时的经济、政治等多方原因，加上崇祯皇帝本人的刚愎自用与决策失误。
明王朝没能抓住这最后的一线生机；其后张献忠在谷城复叛，群雄并起响应，而熊文灿也被下狱问罪。
而此事中熊文灿先是以权谋私，收受张献忠贿赂，后又竭力夸大功劳一意主抚。张献忠复叛的理由就是被熊文灿公开索贿，并将这些贪官污吏索取贿赂的数量、日期开列公布。其后，熊文灿又为了遮掩其过，竟然想方设法不让左良玉迅速扩大战果追击张献忠；最后导致左良玉全军覆没。
所以，这个熊文灿可以用，但这个人的权利却要加以限制，其人亦不可单独主政一方。
否则权利集于其一身，其私欲过盛之下必然膨胀难制。
也不仅是他熊文灿，其实别的官员也是一样，不把权利关进制度的笼子，终会变成洪水猛兽。八一中文网
想到了自己琢磨出来的“百查司”，朱由校觉得这个机构还是应该埋在暗处。
这明处嘛！自然还得有个监督执纪问责的机构，而现在的御史监察制度其实已经烂掉了，无论是现在的明朝，还是后来的满清，这些御史除了能多收一份孝敬银子，别的作用基本没有。
而监察御史之上却没有人对其权利进行监督，而且御史“风闻言事”的作风完全不对其诬告他人负责，最后彻底沦为了政敌间互相攻讦的工具，也完全失去了最初的作用。
所以除了“百查司”这个暗司衙门之外，还要有一个类似后世监督执纪的机构。
这个机构的作用不是代替有司执法，而是监察官纪、吏纪，对官吏施行问责，并将问责结果纳入官员考评，而这个机构的考评则会结合厂卫暗查结论来进行最终的考校。
当然，吏部的“京查”制也是其中一项，只不过在正式实施之前，这“京查”制度也要进行改革，而不是像如今这般成为党争的工具。
这样一来，厂卫的监察范围就可以被限定在监察一定品级的官员之上，这样厂卫的大部分精力就可以用在对外情报上。
最后，只要把百查司这个暗司衙门跟厂卫牢牢的握在皇帝自己手里，文官集团也就翻不起什么浪花。
至于贪腐，朱由校从不认为自己有这个能力将之彻底消灭，但只要掌控好尺度，不定期的搞死