李炎的想法也并不复杂，一方面通过向军中派驻文官统计军功，既能一定程度上限制虚报军功等不良现象，另一方面也能起到部分监视作用。
而更重要的是，这些参军、主簿是军中主将的属下，但又不能由主将任免，既不可能干涉的到主将决策，又能让主将有所忌惮。
接着，一众君臣又讨论了一个多时辰，从粮饷问题到募兵工作，从辖制问题到文武分野，叽叽喳喳闹了半天，总算定下了一个基本方案。
首先，撤销现有的卫所、募兵编制，重新设立都督府统一管辖。
在这一点上，瞿式耜、何腾蛟是主张直接使用过去的五军都督府编制，但李炎却是赞同了吕大器的观点。即现在局势已经不需要过去那种五军分立的分权思想了，当务之急，不如直接学习太祖皇帝打天下时建立的大都督府，由天子亲任天下兵马大都督。
不过李炎取“驱除鞑虏、光复中华、重昭社稷、救济斯民”北伐口号中的“光复”二字，给这个大都督府重新定名为光复军大都督府，新编军队也以此得名为“光复军”。
大都督府设立大都督同知一人，大都督签事一人，大都督长史一人(均为正一品)。
大都督之下才分辖前后左右中海六军都督(从一品)，同样设有同知、佥事、长史(正二品)。
其中海军都督府是李炎所提议设立的，这是他打算留给郑成功的位置，毕竟之前他已经封郑成功为左都督，现在降人家官肯定不合适，干脆给郑成功专门设立一个官职衙门。而且在李炎的初步设想中，北伐满清，郑成功的水师将会有极大作用，独设一军也是早晚的事。
而其中的长史一职便是李炎所提出的驻军文官，他还指定首辅瞿式耜为首任大都督府长史，并且以此为成例，日后大都督府长史均由内阁首辅兼任。
到这里，这个光复军的编制与之前明廷军制差距还不大，关键在于五个都督府之下。
由于废除卫所，每个都督所辖部队便不再以卫所区分，而是直接以一个新单位“师”为单位。
每都督辖前后左右中五师，师主将为总兵(正三品)，以副将、参军为佐(从三品)。
每师又辖若干营(无定数)，营主将为参将(正四品)或游击(正五品)，以参佐、主簿为副(正五品或正六品)。
其中参将为师的常备主力部队，而游击则类似于后世“独立师”、“独立团”的侧翼部队。
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